西汉时期，中国北部的匈奴控制着西域大部，并不断侵扰汉朝。汉武帝建元三年（前138），派张骞出使西域，联合西域各国，以断匈奴的“右臂”。“姑师”之地是开辟西域的重要通道，战略地位极为重要。由此，西汉王朝与匈奴对“姑师”展开了长期的反复争夺。汉武帝元封三年（前108年），汉遣将军赵破奴及王恢率骑数万克楼兰，破姑师。姑师改称车师，臣属于西汉王朝。车师以博格达山南北形成车师国。不久，匈奴又控制了车师。
汉武帝天汉三年（前99年），汉以匈奴降将介和王成娩为开陵侯，率楼兰国兵击车师，匈奴遣右贤王率数万骑救援，汉兵败归。汉征和四年（前89年），汉又派开陵侯率楼兰等六国兵共围车师，车师王投降汉朝。汉昭帝元平元年（前74年），匈奴重新占领车师，派四千骑兵在此屯田。汉宣帝本始三年（前71年），汉朝与乌孙联兵从东西夹击匈奴，车师屯田匈奴兵惊惧逃走。车师又属汉。之后车师王与匈奴联姻，汉又失车师。
汉宣帝地节二年（前68年），汉侍郎郑吉率兵攻占车师交河城，派驻士兵300人屯田车师。匈奴派兵再次争夺。汉宣帝元康四年（前62年），汉放弃车师。汉宣帝神爵二年（前60年），匈奴内乱，匈奴日逐王率众降汉。车师之地随之归属汉朝。这五次重大的车师之争，史称“五争车师”。
西汉在统一西域的同年（前60年），在西域设立都护府，郑吉为首任都护。从此，西域归入汉朝版图。车师归汉后，汉“分以为车师前后王及山北六国”，把原来车师人的领地按地理形势划分为八国，其中车师前国在博格达山南现吐鲁番境内。《汉书、西域传》载“车师前国，王治交河城（今吐鲁番市交河故城），河水分流绕城下，故号交河。去长安长八千一百五十里，户七百，口六千五十，胜兵千八百六十五人”。
到东汉光武帝建武元年（25年）车师前国已全部吞并了吐鲁番境内诸国，交河城成为吐鲁番第一个政治、经济、文化中心。汉元帝初元元年（前48年），汉朝在车师前国设置戊已校尉，驻交河城，掌管西域屯田事务。汉咸帝阳朔四年（前21年），戊已校尉移驻高昌壁（今吐鲁番市高昌故城）。
东汉明帝永平十八年（75年）后，匈奴反汉围攻车师，匈奴与汉朝又反复争夺。戊已校尉随之几经撤回、恢复。东汉安帝延光二年（123年），西域长史班勇率兵五百出屯柳中（今鄯善县鲁克沁），攻克车师。124年，复置戊已校尉。
晋朝，
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