“世界脉动”确实是一个来自宇宙深处的、极其古老的信号。但联盟科学家最初的理解完全错误。它并非无意识的自然现象或友好文明的信息，而是一种具有高度适应性和同化能力的“宇宙级生命形态”的孢子或种子（The Seed）。它本身没有固定形态，其核心能力是“模仿”和“进化”——通过接触并解析任何遇到的复杂系统（无论是技术文明还是生物圈），学习其结构，然后优化、变异，最终将其转化为更适应某种“终极环境”的形态。这是一种超越善恶的、纯粹的物质和能量再格式化过程。
要塞的研究无意中为“种子”提供了一个极其丰富的“样本库”——联盟的尖端科技、储存的各种奇异生物样本、乃至科学家们自身的智慧和精神活动。种子以惊人的速度学习、进化，开始反向渗透要塞的一切系统。静滞仓储区的样本首先失控变异，网络系统被感染，人员被精神侵蚀或肉体转化。
K-01-Theta意识到了灾难性的后果，他启动了要塞的紧急封锁协议，并非抵御外敌，而是将整个要塞变成一个巨大的隔离囚笼，防止“种子”扩散到宇宙中。他和他忠诚的团队撤退到主实验室，试图利用最初接收到的“脉动”信号源（即那个乳白色晶体，他们称之为“源初样本”）开发出一种“反制频率”或“静滞锚点”，希望能将“种子”重新封印或中和。
他们部分成功了。“静滞锚点”装置确实创造出了一个局部稳定区，暂时保护了实验室核心，并在一定程度上抑制了“种子”在要塞内的完全爆发，导致了后来的“大沉寂”——一种在激烈冲突后形成的、不稳定的平衡状态。但Theta自己也在这个过程中受到了严重侵蚀，最终可能……变异或死亡。而“种子”则在漫长的岁月中，继续在要塞的阴影里生长、变异，演化出了菌毯、各种变异生物、以及那种具有侵蚀性的紫色结晶生态。
【‘锚点’的能量正在衰减。】装置的声音变得更加微弱。【‘种子’的本体，已深度融入要塞结构，其核心意识……可能位于反应堆核心或主控脑阵列。它仍在学习，在等待……Theta的最终指令：若无法净化，则必须摧毁。引爆要塞的反应堆，是唯一确保‘种子’不扩散的方法。】
传输结束了。星种获得了它需要知道的一切，甚至更多。任务性质彻底改变：从调查取证，变为执行最终净化协议——毁灭这个要塞，毁灭“种子”。
就在这时，整个实验室剧烈震动起来！墙壁上的紫色结晶发出刺目的光芒，如同愤怒的血管
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