在历史上的2006年7月，鲁德·范尼斯特鲁伊以1500万欧元的身价从曼彻斯特联转会至西甲皇家马德里足球俱乐部。

2006年8月27日，在皇家马德里0比0战平比利亚雷亚尔的西甲首轮联赛中，鲁德·范尼斯特鲁伊完成了西甲首秀。9月10日，皇家马德里在西甲第2轮4比1战胜莱万特，鲁德·范尼斯特鲁伊在比赛中上演了帽子戏法。

10月22日，皇家马德里在西甲第7轮2比0战胜巴塞罗那，鲁德·范尼斯特鲁伊在比赛的第51分钟打进一球。11月12日，皇家马德里在西甲第10轮4比1战胜奥萨苏纳，鲁德·范尼斯特鲁伊在比赛中独中四元。

2007年3月10日，皇家马德里在西甲第26轮3比3战平巴塞罗那，鲁德·范尼斯特鲁伊在比赛中梅开二度。4月至6月，鲁德·范尼斯特鲁伊连续在8轮西甲联赛中打进10球，帮助皇家马德里取得了7胜1平的战绩。

2006-07赛季，鲁德·范尼斯特鲁伊代表皇家马德里在西甲联赛中出场37次，打进25球，成为西甲最佳射手，帮助皇家马德里夺得西甲联赛冠军；在欧洲冠军联赛中出场7次，打进6球；在西班牙国王杯中出场3次，打进2球。

2007年12月23日，皇家马德里在西甲第17轮1比0战胜巴塞罗那，鲁德·范尼斯特鲁伊在比赛的第35分钟助攻队友胡里奥·塞萨尔·巴普蒂斯塔打进全场比赛唯一进球。

2008年3月至5月，鲁德·范尼斯特鲁伊因伤缺席了9轮西甲联赛，5月7日，皇家马德里在西甲第36轮4比1战胜巴塞罗那，鲁德·范尼斯特鲁伊伤愈复出，在比赛的第76分钟替补劳尔出场。

随后又在第79分钟打进了代表皇家马德里参赛的第50粒进球。2007-08赛季，鲁德·范尼斯特鲁伊代表皇家马德里在西甲联赛中出场24次，打进16球，帮助皇家马德里卫冕了西甲联赛冠军；在欧洲冠军联赛中出场7次，打进4球。

2008年8月24日，皇家马德里在西班牙超级杯决赛第二回合4比2战胜瓦伦西亚，从而以总比分6比5夺得冠军，鲁德·范尼斯特鲁伊在两回合决赛中共打进3球。

11月，鲁德·范尼斯特鲁伊因右膝半月板严重损伤而导致赛季报销。2008-09赛季，鲁德·范尼斯特鲁伊代表皇家马德里在各项赛事中出场12次，打进10球。

2009年9月20日，鲁德·范尼斯特鲁伊在皇家马德里5比0战
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