6月5日凌晨，山本五十六命令近藤信竹和南云忠一停止炮击中途岛和夜袭美军航母的准备，和主力编队进行会合。山本五十六鉴于美军舰队已经东撤，与其进行水面舰艇决战的可能性已经不复存在，而且如果日军舰队继续东进，那么天亮之后必然会遭到美军舰载机和岸基航空兵的攻击。于是，在2点55分，山本五十六站在联合舰队旗舰“大和”号战列舰的舰桥指挥室里，满怀悲痛地向联合舰队发出了撤退命令：

一，撤销中途岛作战计划；

二，中途岛登陆编队和机动编队除“飞龙”号及其警戒兵力之外和主力编队进行会合，之后于6月6日午在北纬33度，东经170度海域加油；

三，警戒编队、“飞龙”号及其警戒兵力和“日进”号水飞机母舰也应该开往述地点；

四，运输编队向西撤退，摆脱中途岛美军岸基飞机的攻击范围。

这是大日本帝国海军自从165年明治维新以来，第一个宣布彻底失败的命令，而且更具讽刺意味的是，这个命令是由策划了偷袭珍珠港的大日本海军战神山本五十六大将亲自发出的。当初在开战之前，山本五十六狂妄地叫嚣着要一举歼灭美军航母，如今看来却只不过是一个天大的笑话而已。

对于山本五十六的这一决定，头脑发热、心急如焚的联合舰队参谋们实在接受不了，他们七嘴八舌地坚决要求继续进攻拿下中途岛。联合舰队的首席参谋黑岛龟人海军大佐甚至泪流满面、歇斯底里地叫道：“长官，‘赤城’号还没有沉没，依然还浮在海面。如果被米国人拖去当作战利品进行展览，那岂不是大日本海军的奇耻大辱吗？而且我们总不能用天皇陛下自己的鱼雷来击沉天皇陛下的战舰啊！”还有一个参谋甚至直截了当地问道：“就这样无功而返地撤回去，我们怎么向天皇陛下交待？”

联合舰队参谋们的这一番话，使得整个“大和”号舰桥指挥室里面的空气都立刻凝滞了，作战参谋渡边安次中佐在事后回忆道：“舰队的参谋们几乎个个喉咙哽咽，连气也喘不来。”山本五十六的心里或许也在哭，但是他的眼里没有泪水，整个联合舰队现在只有他才能作出这一决定，然而作出这个决定对他来说实在是太痛苦了，他连哭都哭不出来了。过了许久之后，山本五十六终于开口了，他的语调缓慢而沉重：“我自己曾经也当过‘赤城’号的舰长，但是现在我必须下命令将它击沉，我的心情也是万分遗憾。”接着他又继续说道：“全部责任都在我一个人身，我会亲自去向天皇陛下请罪。”

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