尽管第二次冲击给人类带来了沉重的打击，使人口在短时间内锐减一半，但人类并没有被这一灾难击倒。
经过不懈努力，他们成功地将亚当还原成了胚胎状态。
不仅如此，人类还成功地控制住了亚当的灵魂，并将其安放在一个名为褚熏的人类少年体内。这个少年成为了亚当灵魂的宿主，也因此与亚当产生了紧密的联系。
在发现亚当之后，人类继续深入探索，最终在霓虹地下的巨大空洞里找到了装着莉莉丝的黑之月内核。
这个发现对于人类来说意义重大，因为莉莉丝同样是生命之树的一部分，其存在对于理解生命的起源和进化具有重要价值。
依托这个发现莉莉丝的巨大地下空洞，人类决定在此建立起 人类进化研究所，也就是后来的NERV组织 总部，并以其为中心建造了一座名为第三新东井市的要塞城市。
这座城市不仅是人类对抗使徒的重要据点，也是人类文明的新希望。
为了应对可能苏醒的使徒，人类参考亚当的身体构造，以亚当和莉莉丝的血肉为材料，制造出了巨大的机器人战士。
其中，使用莉莉丝血肉制造出来的机器人被命名为初号机，而使用亚当血肉制造出来的两台机器人则分别被称为零号机和二号机。
这些机器人被统称为新世纪福音战士，简称 EVA。它们是人类对抗使徒的最后防线，也是人类科技与智慧的结晶。
EVA 被制造出来后，碇真嗣的母亲碇唯作为初号机的驾驶员参加了启动实验。
然而，实验过程中发生了意想不到的事故，导致碇唯的灵魂被困在了初号机的体内。
这一悲剧性的事件对碇真嗣的父亲碇源堂产生了巨大的影响。
自从碇唯的灵魂留在初号机内后，碇源堂的性格发生了根本性的转变。他变得冷酷、孤僻，对周围的人和事都漠不关心。
碇源堂内心深处一直渴望着能够再次见到自己的妻子，这种渴望逐渐演变成了一种执念。
为了实现这个目标，他申请将自己所在的人类进化研究所改组成NERV组织，同时向 SEELE 提出了由他来执行一个大胆而疯狂的计划——人类补完计划。
人类补完计划的核心思想是让所有人类摆脱肉体的束缚，以灵魂的形态回归到莉莉丝之卵中。
这样一来，人类将融为一体，彼此的心灵也将相互补充和完善。
然而，这个计划在大多数人眼
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